La historia del Club Baloncesto Baiona se remonta al verano de 1999. Por aquel entonces el Club Baloncesto Pazo de Mendoza nacía bajo la dirección técnica de Manuel Bouzas y la presidencia de Xosé Manuel Marcote con la idea de introducir una alternativa deportiva más en la Villa de Baiona y en general en la comarca del Val Miñor. Con el apoyo del negocio hotelero y Deportes Gol surgía la primera participación de un equipo da baloncesto senior masculino de manera federada en nuestra localidad.
A este equipo se sumaban los primeros equipos de base en la temporada 2000/01 dentro del C. B. Pazo de Mendoza, formado por jóvenes de entre 11 y 16 años que residían en nuestro ayuntamiento y que compitieron en categorías cadete masculino y femenino y alevín mixto frente a equipos de Vigo y comarca.
En la temporada 2001/2002 se hicieron realidad los primeros equipos federados en categoría preminibasket (benjamín) e infantil mixto formado por chicos y chicas, y en la 2004/05 la entidad pasó a denominarse Club Baloncesto Biona, incorporando además su logo actual.
También a partir del año 2004 comenzaron a cambiarse los conjuntos mixtos por los equipos femeninos y masculinos, que en el año 2006 formaban ya 12 conjuntos, hasta llegar, en 2009 y vcincidiendo con el 10º aniversario del club, a tener presencia en todas la categorías, desde los más pequeños hasta los adultos en competiciones senior.
Ya de manera más reciente, el C. B. Baiona logró en la temporada 2009/10 que dos de sus equipos senior, uno masculino y otro femenino, lograsen el ascenso a la Liga Autonómica FGB logrando unos resultados más que aceptables en su primera aparición en la categoría.
Pero no todo ha sido deporte federado. Desde el principio se apostó por otras actividades con carácter más lúdico, creándose en el año 2000 las Escuelas Deportivas Municipales de Baloncesto y el Torneo de Verano 3×3, ambos con el respaldo de la Concejalía de Deportes del Ayuntamiento de Baiona. También desde el año 2005 se celebra todos los veranos el Campus C. B. Baiona, donde los chicos y chicas pueden disfrutar de una semana de baloncesto y otras actividades de ocio, además de la visita de jugadores y entrenadores del mundo de la canasta.
Sin embargo, el mayor logro del C. B. Baiona en este sentido ha sido la creación del Torneo de Minibasket, que anualmente y desde el año 2006 se viene celebrando en Primavera y que poco a poco se va convirtiendo en un referente en el Noroeste de España y Portugal en categoría alevín. Muchos de los mejores equipos de cantera de Galicia y varios puntos de la Península Ibérica se dan cita durante un fin de semana en Baiona para dejarnos ver a niños y niñas que el día de mañana podrían llegar a jugar en los mejores equipos de sus respectivas comunidades.
Actualmente, el C. B. Baiona se mantiene fiel al estilo que le hizo crecer de manera exponencial en pocos años, tomando como nuestro el lema «Baloncesto para Todos». Tenemos como seña de identidad la calidad educativa y de entrenamiento, y como pilar fundamental la participación del mayor número de niños y padres, persiguiendo el objetivo de apostar firmemente por la formación y el desarrollo deportivo e intentar lograr ser un referente en cuanto al funcionamiento y modelo de gestión y dirección.